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18122021
La 5ème vague liée au variant Delta est actuellement très active, mais a probablement atteint un pic ou un plateau de contaminations. L’impact sur le système de soins devrait être maximum durant la période des fêtes et se prolonger en janvier 2022.
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Cet impact a été largement limité par la vaccination mais va rester à un niveau élevé pouvant atteindre 3 500 hospitalisations en soins critiques. 
Le rappel vaccinal (3ème dose) s’est considérablement accéléré : 
20M de personnes devraient avoir reçu ce rappel au 31 décembre 2021, mais 30% des résidents en EHPAD ne l’ont pas encore reçu. 
- Les données sur le variant Omicron sont très évolutives et encore peu solides. 
Le Conseil scientifique a souhaité faire une mise à jour des connaissances et envisager les conséquences d’une 6 ème vague à Omicron pour mieux les anticiper. 
- Apparu en Afrique du Sud au début du mois de novembre 2021, le variant Omicron a rapidement été responsable d’une diffusion épidémique locale massive, du fait d’un niveau de transmission très élevé. Rapidement, il s’est répandu dans le monde entier et en particulier en Europe à la faveur de clusters de super-contamination dans une population vaccinée et alors qu’il y avait encore un haut niveau de circulation virale liée au variant Delta. Son émergence soulève plusieurs hypothèses : infection chronique à SARS-CoV-2 chez un sujet immunodéprimé, origine zoonotique, ou circulation à bas bruit, non détectée du fait d’une faible surveillance par séquençage. Sa diffusion est maintenant mondiale mais plus ou moins intense selon les pays, leur capacité de détection, le niveau de vaccination et des mesures barrières associées. 
1. Au plan virologique Le virus Omicron est un virus qui présente de nombreuses mutations en comparaison des virus qui ont circulé jusqu’à présent. 
La plupart des mutations sont observées sur la protéine de Spicule (30 environ), d’autres mutations sont aussi observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6 (voir analyse de risque SPF-CNR), mutations pouvant avoir un impact sur le niveau de multiplication du virus. Il existe actuellement deux sous lignages de variant Omicron BA.1 (majoritaire) et BA.2 (minoritaire) qui ne présentent pas de différence en termes d’impact, d’échappement immunitaire ou de transmission. 
L’impact des mutations observées pour les virus Omicron sur la contagiosité est confirmé, tant du fait d’un échappement immunitaire lié aux mutations localisées sur la protéine de spicule, que de sa capacité réplicative augmentée. La transmission est nettement augmentée par rapport au variant Delta. L’évolution du virus porte plusieurs marqueurs importants associant une affinité très augmentée au récepteur ACE2 (notamment avec la stabilisation du couple de mutations Q498R – N501Y), et un potentiel d’échappement immunitaire sur les régions de la protéine de Spicule ciblée par les anticorps neutralisants (régions RBD et NTD). 
2. Détection par test antigéniques (autotests, tests antigéniques de laboratoire), PCR et séquençage 
La détection des variants Omicron n’est pas mise en défaut par les mutations observées sur le virus. Par conséquent, sa surveillance, son dépistage et son diagnostic sont possibles avec les outils actuels. Ainsi, plusieurs études ont confirmé que la détection par les tests antigéniques reste avec un même niveau de sensibilité (autotests et tests de laboratoire). Les techniques de PCR de détection et de séquençage ne sont pas impactées par ces mutations. A des fins de surveillance, le séquençage combiné aux PCR de criblage permettent d’estimer le niveau de circulation du virus (en France par le réseau Emergen). 
Au 29 novembre 2021, les variants Omicron représentaient 0,1% des virus détectés en France (enquête Flash SPF, séquençage). Cette même enquête réalisée le 6 décembre 2021 donne un pourcentage de 1,4%. Cette proportion est certainement en augmentation, comme cela est observé dans les autres pays d’Europe (voir plus loin). 
3. Données préliminaires sur le risque d’échappement immunitaire des variants Omicron 
Les caractéristiques virologiques du variant Omicron lui confèrent un risque particulier et différent de ceux observés avec l’ensemble des variants ayant déjà émergé. Du fait des mutations observées, ce virus présente : 
- Un échappement à la protection immunitaire humorale tant vis-à-vis de l’immunité postvaccinale que post-infectieuse. Les premières données de séroneutralisation qui ont permis d'évaluer la capacité d'échappement à l'immunité humorale ont montré une baisse significative de la capacité de neutralisation des anticorps induits par les vaccins (2 doses) et lors d’une infection passée. La capacité neutralisante du sérum de personnes ayant reçu deux doses de Pfizer est 20 à 40 fois inférieure pour le variant Omicron comparé aux autres variants (Rössler & Kimpel; Wilhelm & Ciesek; Cele & Sigal; Sheward & Murrell; Pfizer). Toutefois, avec un rappel vaccinal (schéma à 3 doses, ou après vaccination faite chez une personne ayant eu une infection), il apparait que le taux d’anticorps induit est suffisamment élevé pour permettre une neutralisation significative et donc probablement une protection (Wilhelm; Pfizer; Moderna), même si l'effet protecteur diminue probablement à 3 mois de la dose de rappel (Wilhelm). A partir de ces résultats, la protection six mois après deux doses de vaccin ARN messager a été estimée par modélisation à 40% contre l'infection symptomatique, et 80% contre la maladie sévère. Une dose de rappel avec un ARN messager augmenterait cette protection à 86% contre l'infection symptomatique, et 98% contre les formes sévères (Khoury). 
- Un maintien de la protection induite par l’immunité cellulaire de type TCD4 et TCD8, immunité observée notamment chez les convalescents et à un moindre degré chez les vaccinés (CD8) avec un vaccin ARNm. Ce maintien d’une protection cellulaire permet aussi d’anticiper le maintien d’une protection clinique vis-à-vis des formes sévères, comme observé dans les premières études cliniques disponibles. En résumé, la dose de rappel (3ème dose) permet de rétablir une réponse immunitaire vis-àvis du variant Omicron. Elle protège, probablement à un bon niveau, contre la survenue de formes sévères et graves mais ne protège que partiellement contre l’infection au variant Omicron. 
4. Efficacité des antiviraux
- Perte totale de l’efficacité des anticorps monoclonaux casirivimab/imdevimab, (Roche/Regeneron) et bamlanivimab/etesevimab (Lilly) 
- Conservation partielle de l’efficacité pour les anticorps monoclonaux tixagevimab/cilgavimab, (Astra Zeneca), même si les données ne sont pas encore stabilisées (à confirmer). 
- Efficacité probablement conservée pour les anticorps monoclonaux sotrovimab (Vir Biotechnology/GSK). 
- Le médicament par voie orale Paxlovid (Pfizer) devrait être efficace car dirigé contre la protéase du virus qui est peu modifiée, mais ce produit ne sera disponible en quantité qu'à partir de mi-février 2022.
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