#Covid19 : la synthèse du dernier avis du Conseil Scientifique

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24032021
Un an après le début de l’épidémie de COVID-19 en France, le Conseil scientifique a dressé le 11 mars un état des lieux et fait le point sur les avancées scientifiques. Il examine plusieurs stratégies de gestion de la suite de l’épidémie et plaide pour une réponse anticipée, régionale, ajustée et ciblée. 
I. ETAT DES LIEUX ET MESURES SPECIFIQUES 
Une population peu immunisée, des variants plus dangereux et des indicateurs signalant une reprise de l’épidémie. Au 1 er mars 2021, 17% desfrançais auraient été infectés par le SARS-CoV-2 en métropole, avec deux fois plus d’infections chez les moins de 50 ans que chez les plus de 50 ans. L’âge est le facteur de risque écrasant de morbidité grave et décès lié au SARS-CoV-2, très fréquemment aggravé par les comorbidités, et les plus de 50 ans sont ainsi très touchés. 
Les territoires sont, eux, très diversement atteints : environ 30% des adultes en Ile-de-France contre 6% en Bretagne auraient été infectés par SARS-CoV-2. La situation actuelle s'aggrave du fait de l'apparition de variants susceptibles de dégrader l’efficacité du dispositif sanitaire : le virus historique est remplacé par le variant UK (variant B.1.1.7 dit « britannique »), plus transmissible et plus létal. Ce variant UK constitue le problème majeur actuellement en métropole. Le variant SA (variant B.1.351 dit « sud-africain »), a été détecté de manière majoritaire en Moselle (54.3%) et semble désormais diminuer (45,1%). Il est également détecté à plus de 30% dans le Grand Est et aussi à Mayotte et à la Réunion. Dans tous ces territoires, il baisse progressivement. Il est plus transmissible et sa sensibilité aux vaccins est moins bien évaluée. L’enjeu consiste toujours à faire baisser le nombre d’infections, la mortalité et la pression sur le système de santé dans un contexte où la crise devient de moins en moins supportable du fait de la dureté des mesures restrictives sur la vie quotidienne. 36 000 décès sont survenus depuis le 1 er décembre 2020. 
En 2021, en dépit d’un couvre-feu à 18h00 étendu à l’ensemble du territoire national, et d’une incidence stable autour de 20-25 000 nouveaux cas diagnostiqués par jour, le nombre de patients en réanimation est passé de 2 582 le 7 janvier 2021 à 3 743 le 7 mars 2021 (+45%). Nice et Dunkerque ont connu des épidémies fortes, obligeant à des évacuations sanitaires de patients en état critique, et la région Ile-de-France est fortement menacée. Des symptômes persistants pour une part importante de patients. Entre un tiers et deux tiers des patients, quel que soit leur âge, ont encore des symptômes quatre mois aprèsleur contamination par le virus, principalement la fatigue, une dyspnée, des palpitations, des maux de tête et des troubles cognitifs. 69% de ceux qui connaissent des 4 symptômes persistants considèrent que cela a un impact durable sur leur vie quotidienne. 
Cela montre que, même pour les personnes peu à risque de développer des formes graves, et singulièrement chez les jeunes, il existe un véritable enjeu en termes de santé personnelle à éviter une infection. 
Des traitements précoces des personnes à haut risque peu concluants. 
La prise en charge des formes graves de la maladie a évolué favorablement depuis un an. Néanmoins, les traitements dirigés contre le virus se sont avérés décevants. Des traitements innovants : β-interféron, anticorps monoclonaux, sérum de convalescents, à des stades avancés d’évaluation mais pas encore validés, pourraient modifier le pronostic des sujets à risque de formes graves. Ces traitements, dont l’efficacité doit être évaluée y compris sur les variants, posent également des questions de nature opérationnelle, en particulier parce qu’ils devraient être administrés de façon très précoce, moins de 5 jours après les premiers signes. Enfin, pour ces derniers, la capacité de production industrielle reste un facteur limitant et fait obstacle à leur éventuel recours massif. 
Une dégradation de la santé mentale des Français et des populations touchées par la crise sanitaire qui appellent des mesures médico-sociales spécifiques. 
La santé mentale des Français s’est dégradée avec des niveaux élevés d’états anxieux ou dépressifs, corrélés aux périodes de confinement et aux mesures de restriction. Des mesures d’accompagnement renforcées fondées sur la prévention, des campagnes d’information et une prise en charge thérapeutique lorsqu’elle est nécessaire, doivent prendre en compte un ensemble de troubles, y compris le risque suicidaire, les conduites addictives et les manifestations anxieuses et dépressives. L’accès à une aide psychologique ou psychiatrique apparaît primordial pour soulager le présent et préparer l’avenir. 
Tandis que l’épidémie affecte de manière différenciée l’ensemble de la population, la situation de certains groupes appelle une attention particulière. 
Les populations précaires sont affectées par une baisse de leurs revenus et par des difficultés d’accès aux droits du fait des mesures de restriction. Un nombre accru de personnes a recours à l’aide alimentaire. Alors que l’usage du numérique reste difficile, l'accès à un accueil physique délivré par des professionnels administratifs et sociaux est indispensable. Le maintien des liens sociaux et de l’accompagnement des populations précaires est aussi crucial. A ce titre, une attention particulière doit être portée aux enfants. Le maintien de l’ouverture des établissements scolaires et de leurs cantines apparaît pour eux indispensable, et a été pratiqué par les Anglais alors que les écoles étaient fermées pour le reste de la population lors du dernier confinement. 
L’accès à la vaccination doit être facilité par des dispositifs dédiés, y compris pour les personnes en situation irrégulière.
La situation des étudiants et des jeunes professionnels s’est également dégradée au point d’entraîner une précarité et un isolement social, scolaire, professionnel et même culturel, 11 MARS 2021, 16H00 5 s’accompagnant de souffrances psychiques. Des mesures spécifiques de soutien et d’accompagnement doivent rendre leur situation dans la crise plus soutenable. Les personnes de plus de 65 ans, très touchées par les conséquences les plus graves de l’épidémie, souffrent aussi des conséquences d’un isolement accru. En attendant leur vaccination, seule véritable solution, l’objectif reste d’éviter leur contamination par des pistes d’amélioration : une autoprotection accrue, éclairée et librement consentie, informée sur les lieux et circonstances de contamination, leur accompagnement social à domicile, ainsi que l’amélioration de leur prise en charge grâce à l’accès aux thérapeutiques précoces et à l’oxygénothérapie à domicile. 
Des lieux et circonstances de transmission du virus mieux connus. 
La littérature internationale et l’étude ComCor en France permettent désormais de mieux estimer la dangerosité dessituations vis-à-vis du risque d’infection par le SARS-CoV-2, leslieux et circonstances de contamination et donc d’identifier des activités plus ou moins à risque de transmission du virus. Elles ne prennent néanmoins pas en compte la transmissibilité accrue du variant UK. Le risque de contamination reste majeur en cas d’événement dans un espace clos, mal ventilé, avec des participants nombreux, ne respectant pas les gestes barrières et notamment le port du masque. L’interdiction des regroupements est ainsi l’une des mesures les plus efficaces de contrôle de la transmission du virus. Les repas, au cours desquels le port du masque ne peut être respecté, constituent une circonstance majeure de contamination, aussi bien en milieu privé que professionnel. Les patients s’isolent trop tard, attendant le résultat du test au lieu de s’isoler dès le début des symptômes, et ne protègent pas assez les membres de leurs foyers. 37% des personnes source de l’infection sont symptomatiques lorsqu’elles contaminent quelqu’un hors de leur domicile. Les lieux associés à un sur-risque d’infection ont été les bars, les restaurants et les salles de sport, quand ils étaient ouverts en octobre dernier, ainsi que le co-voiturage. A l’inverse, les transports en commun, les cours en amphithéâtre ou en salle pour la formation continue, le sport en extérieur, la fréquentation des lieux culturels et de culte, des commerces et des salons de coiffure n’ont pas été associés à un sur-risque d’infection. 
Une situation insatisfaisante en milieu professionnel qui requiert une meilleure application des protocoles sanitaires. 
La situation en entreprise et dans le monde professionnel hors établissements de santé apparait comme la plus insatisfaisante sur un plan sanitaire : presque un professionnel sur deux est symptomatique lorsqu’il contamine un collègue sur son lieu de travail. Le travail en bureaux partagés et les repas en commun sont les circonstances les plus fréquemment rapportées à l’origine des transmissions en milieu professionnel. Alors qu’il est désormais démontré que le télétravail protège effectivement, les cadres, ingénieurs et chefs d’entreprise sont, avec les chauffeurs et les assistantes sociales, les catégories professionnelles les plus à risque de contamination. Si les employeurs semblent connaître des difficultés pratiques à faire respecter les protocoles sanitaires sur les lieux de travail, et ce malgré la responsabilité qui leur incombe en termes de santé, d’hygiène et de sécurité, la situation requiert néanmoins, compte tenu de son impact sur la crise, une tentative de durcissement de ces protocoles sanitaires, et des moyens dédiés à leur respect et à leur contrôle effectif, en particulier lors des repas. 
Des écoles qui n’amplifient pas la transmission virale et à garder le plus possible ouvertes. 
Les écoles ne semblent pas constituer des amplificateurs de transmission : la circulation du virus en milieu scolaire reflète plutôt celle qui est observée au sein de la collectivité. La meilleure façon de garder les écoles ouvertes est donc de réduire la transmission du virus dans la communauté. Le risque majeur réside dans la transmission du virus des enfants infectés à leurs parents et grands-parents, davantage sujets aux formes graves de la maladie. L’étude ComCor révèle néanmoins que les transmissions du virus aux adultes du foyer ont plutôt été le fait des lycéens, collégiens et enfants gardés par une assistante maternelle.
Compte tenu de la situation épidémiologique dans et autour de l’école et de l’impact très négatif de la déscolarisation sur l’apprentissage, et même peut-être irrattrapable pour les enfants issus de familles défavorisées ou en situation précaire, la fermeture d’écoles apparaît comme une mesure sanitaire extrême de dernier recours, dès lors que des protocoles sanitaires efficaces existent. En cas de situation sanitaire critique, la présence au collège et au lycée peut être graduée, avec une alternance des cours une semaine sur deux. La fermeture des écoles primaires ne devrait être envisagée qu’en dernier recours. Des outils numériques sous-utilisés et à mobiliser. Les outils numériques doivent continuer à contribuer à l’efficacité des stratégies sanitaires et leur usage doit être renforcé dans la perspective de stratégies régionalisées différenciées. 
L’application TousAntiCovid, pour sa fonctionnalité anonyme de détection des chaines de transmission du virus et de notification des personnes contact, pourrait utilement être déployée dans une logique de mobilisation territoriale sur une zone donnée, que cette dernière connaisse un taux d’incidence élevé, pour mieux cibler les personnes à isoler, ou un taux d’incidence faible, pour prévenir toute dégradation de la situation. 
Dans une optique de réouverture de lieux publics dans les zones où le niveau des indicateurs le permet, l’application TousAntiCovid doit également évoluer pour permettre la détection d’évènements de super-transmission vu leur rôle dans la formation de clusters. Enfin, la pertinence d’un passe sanitaire numérique se pose en termes sanitaire, éthique, juridique et opérationnel et appelle à un large débat public en parallèle des expérimentations éventuelles. 
Les gestes barrières : une efficacité démontrée à maintenir dans la durée. 
Il est désormais bien démontré que les gestes barrières à privilégier absolument pour minimiser le risque de contamination sont le port strict du masque, une aération suffisante et la désinfection des mains. La distance physique reste pertinente en complément des autres mais, seule, s’avère inefficace dans les lieux clos mal ventilés, du fait de la transmission du virus par aérosols. En tout état de cause et tant que le niveau d’immunité collective n’est pas atteint notamment grâce à la vaccination, les mesures barrières en vigueur doivent être maintenues et même renforcées en raison de la haute contagiosité des variants et ce même en cas de COVID avérée antérieurement ou de vaccination complétée. En effet des variants pouvant échapper à l’immunité naturelle ou post-vaccinale pourraient déjà être en circulation sans avoir encore été détectés. 
II. ENJEU STRATEGIQUE : 
DES REPONSES REGIONALES PRECOCES A PRIVILEGIER 
FACE A LA REPRISE EPIDEMIQUE DUE AUX VARIANTS 


La vaccination, pilier de la sortie de crise. 
La sortie de crise sanitaire ne pourra se faire que grâce à la vaccination de la très grande majorité de la population. 10 millions de français devraient être vaccinés d’ici mi-avril. Les vaccins constituent le pilier de la sortie de crise, avec bientôt quatre vaccins approuvés en France. Ils ont une efficacité estimée entre 70% et 95% pour prévenir les formes cliniques de la maladie. Tous semblent avoir une efficacité proche de 100% pour empêcher les formes sévères, les hospitalisations et les décès. Si tous semblent conserver la même efficacité contre le variant UK, celle-ci semblerait diminuée contre le variant SA. Les trois vaccins disponibles ont également un impact fort (>50%) sur la transmission du virus, comme nous le montre l’évolution de l’épidémie en Israël et en Angleterre où les programmes vaccinaux sont les plus avancés. L'effet positif des vaccins, décalé dansle temps, devrait néanmoins être insuffisant pour éviter une augmentation importante des hospitalisations, notamment en réanimation, à très court terme en France, du fait de la transmissibilité et de la létalité accrues du variant UK et de la faible couverture de vaccination des patients avec indication de réanimation, le cas échéant. Plusieurs stratégies possibles pour gérer l’épidémie jusqu’à une vaccination suffisante. Cet état des lieux a un impact majeur sur les stratégies possibles en termes de gestion de l’épidémie et de sortie de crise. Les projections montrent ainsi que, malgré la vaccination, il faudra maintenir les taux de transmission à des niveaux très bas dans les prochains mois pour éviter une remontée importante des hospitalisations étant donné la circulation de variants bien plus transmissibles. L’enjeu porte sur le niveau tolérable de circulation du virus : des mesures trop strictes ont en effet un coût économique et social considérable, tandis que des mesures trop lâches ont un coût sanitaire et humain très élevé. 
Toute stratégie sanitaire doit prendre en compte plusieurs dimensions à mettre en perspective avec différents indicateurs, tels que les occupations hospitalières et le nombre de morts par jour, ainsi qu’avec le risque de reprise de l’épidémie à court et moyen terme. 
Une dimension temporelle : 
entre une réponse sanitaire précoce, plus efficace, et une réponse retardée, qui modère l’effet négatif sur l’économie au risque d’aggraver ensuite la situation sanitaire et son bilan final en termes d’hospitalisations et de décès.
Une dimension qualitative : 
les mesures de restriction de déplacements réduisent la mobilité, très corrélée au niveau de circulation du virus. Elles affectent néanmoins les libertés, la santé mentale des populations et l’activité économique. A l’inverse, des mesures plus ciblées, prenant en compte les caractéristiques des lieux accueillant du public, préservent les libertés du plus grand nombre. Mais leur impact propre sur la diminution des interactions sociales à risque est difficile à évaluer. Elles peuvent ainsi s’avérer insuffisantes en cas de poussée épidémique forte et doivent être réservées à des périodes et des zones où la circulation du virus est faible et maîtrisée. 
Une dimension populationnelle (cf. supra)
certaines populations sont impactées plus que d’autres par l’épidémie, comme les jeunes, les personnes âgées et les populations précaires. 
Une dimension géographique : 
une réponse locale permet de limiter les mesures de restriction aux seules régions ayant une situation sanitaire critique ou étant plus vulnérable comme les départements et collectivités d’outre-mer et paraît dès lors mieux acceptable pour la population concernée. Cette approche est mise en œuvre en Espagne, en Italie et en Allemagne. Elle trouve sa limite en cas de flambée épidémique touchant plusieurs régions simultanément, en l’absence d’interdiction de déplacements de populations entre elles. 
S’agissant des stratégies possibles, une première stratégie vise à laisser le virus circuler en ne protégeant que les seules personnes à risque, sans contrôle collectif de la diffusion du virus. Cette approche est illusoire du fait de l'impossibilité pratique de protéger de façon hermétique un groupe d’individus. De plus, le risque d’hospitalisation chez les sujets jeunes n’est pas nul et une épidémie non contrôlée s’accompagnerait d’une saturation rapide des services hospitaliers, même si les personnes fragiles devaient s’isoler. Enfin, les formes chroniques de la maladie (COVID long) sont maintenant avérées, avec une fréquence élevée comme indiqué ci-dessus. 
Une deuxième stratégie diamétralement opposée, appelée Zéro COVID, vise à la suppression du virus, nationale ou territoriale. Elle nécessiterait en Europe un contrôle strict de type confinement sans exceptions, y compris frontalier, pendant une période longue de 8-10 semaines minimum, suivi d'un dispositif Tester-Tracer-Isoler plus performant. Elle ne semble ainsi ni réaliste sur un plan pratique, ni probablement acceptable par la population. 
Une troisième stratégie dite de « Stop and Go » consiste à alterner des périodes de renforcement des mesures, quand les services hospitaliers arrivent à saturation, et des périodes de relâchement, une fois la situation revenue à des niveaux plus bas. Soutenable à court terme, elle est épuisante dans la durée et peut conduire à un grand nombre d’hospitalisations et de morts cumulés. Une quatrième stratégie, dite précoce, vise à surveiller plusieurs indicateurs épidémiologiques pour anticiper les reprises épidémiques et appliquer des mesures de freinage précoces. Elle limite le nombre d’infections, préserve le système de soins, maintien la morbi-mortalité à des niveaux bas et limite l’intensité et la durée des mesures de restriction. Mais elle reste difficile à faire comprendre et à accepter par la population et les acteurs économiques car contre-intuitive face à une situation sanitaire en apparence acceptable. Privilégier une stratégie précoce, régionale, ajustée et ciblée. 
Dans le contexte de reprise épidémique due aux variants, et de forte morbi-mortalité associée à un haut plateau d’hospitalisations depuis le mois de novembre, le Conseil Scientifique propose une réponse anticipée, régionale, ajustée et ciblée à l’épidémie. 
Il s’agit en effet,sur la base de critères épidémiologiques tels que le taux d’incidence, le nombre de reproduction R, la proportion de variants UK ou porteurs de la mutation E484K, le taux d’occupation des lits de soins critiques, et le taux de couverture vaccinale, de proposer en amont des mesures régionales permettant de limiter le nombre d’infections et de diminuer la morbi-mortalité associée à l’épidémie. Dans les régions les plus touchées, il s’agira de freiner la progression épidémique avant d’atteindre la saturation des lits de soins critiques, sachant que l’efficacité de mesures sur l’occupation en réanimation ne se ressent qu’après un délai d’au moins 2 semaines. 
La mise en place d’une gestion plus régionalisée de l’épidémie présente des opportunités mais n’est pas sans risque. Le confinement national de mars 2020 a permis d’éviter à de nombreuses régions de connaître une situation critique, en y cassant précocement la dynamique de transmission. Il existe un risque de laisser la situation épidémiologique se dégrader dans une région avant d’agir. Il est donc primordial que la gestion régionale de l’épidémie soit extrêmement réactive et dans l’anticipation. 
Préparer un allègement des mesures de restriction. 
Une telle stratégie peut permettre également d’envisager, dans les territoires à taux de transmission du virus très bas, un allègement progressif des mesures restrictives les plus strictes. Il s’agira d’inventer et de tester l’efficacité sanitaire de nouvelles mesures de contrôle et d’accompagnement, plus ajustées et mieux adaptées aux lieux et situations à risque. Dans cette situation, la stratégie Tester-Tracer-Isoler, plus efficace quand le virus circule peu, peut contribuer à contenir toute dégradation de la situation sanitaire. Une réouverture des lieux et activités à faible risque de transmission serait ainsi envisageable, certes avec extrême surveillance en attendant la vaccination des personnes à risque dans un premier temps, puis de la grande majorité de la population pour sortir enfin de cette crise sanitaire

Membres du Conseil scientifique associés à cet avis : 
Jean-François Delfraissy, Président Laetitia Atlani-Duault, Anthropologue Daniel Benamouzig, Sociologue Lila Bouadma, Réanimatrice Simon Cauchemez, Modélisateur Catherine Chirouze, Infectiologue Angèle Consoli, Pédopsychiatre Pierre Louis Druais, Médecine de Ville Arnaud Fontanet, Epidémiologiste Marie-Aleth Grard, Milieu associatif Olivier Guérin, Gériatre Aymeril Hoang, Spécialiste des nouvelles technologies Thierry Lefrançois, Vétérinaire/One Health Bruno Lina, Virologue Denis Malvy, Infectiologue Yazdan Yazdanpanah, Infectiologue
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