Variants indiens du Covid 19 : le conseil scientifique publie une note d'éclairage au 24 mai 2021

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28052021
Le Conseil scientifique a rendu le 24 mai 2021 une note d’éclairage à propos du variant B.1.617 dit « indien » avec les premières données dont on disposait à cette date. Dans cette note, le Conseil scientifique fait le point, une nouvelle fois, sur ces variants dits « indiens » en tenant compte des nouvelles connaissances virologiques et épidémiologiques. La situation particulière vis-à-vis de ces variants au Royaume-Uni est également abordée avec les possibles conséquences de la diffusion du variant B.1.617.2 dans le reste de l’Europe. 
A partir de début mars 2021, l’Inde a enregistré une recrudescence massive du nombre de cas. 
Cette reprise épidémique a été observée dans tout le pays, impliquant différents lignages viraux, en particulier le variant UK dans certaines régions. Mais sont également apparus 
Variant UK dit « britannique »
Variant SA dit « sud-africain »
Variant BR-P1 dit « brésilien » 
ayant en commun une mutation L452R sur la protéine de spicule pouvant être associée à une augmentation de la transmissibilité du virus, mais présentant également des caractéristiques différentes. Ces trois lignages ont été regroupés sur le nom générique de variants dits « indiens », appelés « double mutant ». Cette dénomination de « double mutant » fait référence à l’association de des mutations L452R et E484Q, qui n’avaient jamais été observées ensemble avant l’émergence de ces virus. 
La mutation E484Q, quant à elle, est connue pour participer à l’échappement immunitaire partiel post-infectieux et post-vaccinal, et est responsable d’une résistance à certains anticorps monoclonaux.
L’analyse plus précise de ces variants dits « indiens » montre trois situations très différentes pour chacun des trois lignages : 
 Le lignage B.1.617.3, qui présente la combinaison des deux mutations, a très peu diffusé en Inde et hors de l’Inde. Au total, 70 génomes étagés de février à avril 2021 ont été déposés sur GISAID, dont seulement 7 en Europe à ce jour (tous en GrandeBretagne). 
 Le lignage B.1.617.1, qui présente aussi la combinaison des deux mutations, a été détecté en Europe et en France, mais à une fréquence faible en comparaison du lignage B.1.617.2. Parmi les trois virus, celui-ci est celui qui présente la différence antigénique la plus importante par rapport à la souche historique « Wuhan » et donc un risque d’échappement immunitaire. 
 Le lignage B.1.617.2, qui ne présente pas la mutation E484Q (contrairement à ce qui avait été initialement annoncé), est le lignage qui est le plus fréquemment détecté en France et en Europe parmi les trois. 
A noter qu’il comporte également des mutations spécifiques additionnelles mais qui ne semblent pas avoir d’impact sur son antigénicité ; ce virus présente un profil génétique pouvant lui conférer un avantage de transmissibilité supérieur aux deux autres lignages (L452R associée à T478K en absence de mutation 484). 
Cette augmentation de transmissibilité est rapportée par les Indiens et les Britanniques, la comparaison avec le niveau de transmission du variant UK est en cours. Le niveau exact d’augmentation fait encore l’objet de discussions. Tous ces virus B.1.617 sont correctement détectés par les tests RT-PCR classiques et les tests antigéniques (aussi bien en tests antigéniques classiques qu’en autotests). Ces variants ont été déclarés comme « VOC » ou Variants of concern par l’OMS le 12 mai 2021.
1. Quel est le niveau du trafic actuel entre le Royaume-Uni et la France ? 
Le nombre de passagers entre le Royaume-Uni et la France a nettement diminué suite à la crise sanitaire mais demeure néanmoins à un niveau non négligeable d’environ 10 000 personnes par jour en provenance du Royaume-Uni. Les chiffres suivants doivent être considérés avec prudence : environ 1 000 passagers par avion par jour ; 1 000 par Eurostar par jour ; 1 000 par navette/tunnel par jour ; transport maritime : 2700 poids lourds avec chauffeurs et 3 600 voyageurs par jour. Le flux est de nature plutôt commerciale avec les enjeux particuliers posés par les chauffeurs routiers en termes organisationnels (coût élevé du RT-PCR au RoyaumeUni, difficultés à avoir le résultat du test avant 36h…). 
2. Quel est le niveau de contrôle actuel entre le Royaume-Uni et la France ? 
Actuellement, une personne en provenance du Royaume-Uni qui souhaite accéder au territoire français doit présenter une déclaration sur l’honneur attestant qu’elle ne présente pas de symptôme d’infection au COVID-19, qu’elle n’a pas connaissance d’avoir été en contact avec un cas confirmé de COVID-19 dans les 14 jours précédant son trajet et présenter un résultat de test RT-PCR datant de moins de 72 heures. Une fois arrivée en France, toute personne en provenance du Royaume-Uni doit également s’engager sur l’honneur à s’isoler pendant 7 jours puis à refaire un second test RT-PCR à l’issue de cet isolement. 
3. La France est dans une situation de réouverture et de levée des restrictions avec une baisse rapide de l’incidence et du nombre de nouveaux cas (avec 10 à 12 000 cas par jour, l’incidence est néanmoins supérieure à celle observée au Royaume-Uni qui est de 25/100 000/semaine). 23M de personnes ont reçu une première dose de vaccin dont plus de 18M avec un vaccin ARNm dont l’efficacité sur le variant B.1.617.2 parait conservée après deux doses. Par ailleurs, on estime que 25% de la population française a déjà été infectée par la souche historique ou par le variant UK avec un pourcentage plus important dans la population jeune (qui a été très peu vaccinée jusqu’ici) mais on ne sait pas si cette infection ancienne protège contre le variant B.1.617.2. 
4. Il faut noter qu’une surveillance, pour être cohérente, doit également porter sur les liaisons aériennes directes avec l’Inde, notamment entre l’Inde et la Réunion qui ont des liens particuliers, et indirectes via les pays du Golfe. 


QUELLES MESURES A PRENDRE EN FRANCE 

VIS-A-VIS D’UN EVENTUEL IMPACT DU VARIANT B.1.617.2 ?

Le niveau de contrôle vis-à-vis des personnes arrivant du Royaume-Uni doit-il être renforcé ?
a. Le variant B.1.617.2 est en expansion rapide au Royaume-Uni, en particulier dans la communauté d’origine indienne. Il a un niveau de transmission élevé mais demeure sensible aux vaccins.
b. Le variant B.1.617.2 est déjà présent en France sous forme de clusters en nombre limité. Ceci rappelle la situation dans laquelle nous étions avec la variant UK dès fin décembre 2020. 
c. L’élément stratégique essentiel est d’avoir une stratégie de dépistage très active via le criblage et le séquençage en optimisant les données issues des laboratoires publics et privés (voir annexe). Cette stratégie permet également de détecter les autres VOCs. 
d. Dès la découverte de cas, la stratégie mise en œuvre par la CNAM de « TracerIsoler-Accompagner » doit être particulièrement réactive. Jusqu’à nouvel ordre, on doit considérer que les mesures barrières classiques sont efficaces pour diminuer les conséquences de la transmissibilité accrue de ce virus. En cas d’apparition de plusieurs clusters liés au variant B.1.617.2, si une décision de couverture vaccinale accrue est décidée, il parait légitime de la réaliser avec des vaccins de type ARNm. 
e. Faut-il aller plus loin ? 
En tenant compte du fait que le nombre de voyageurs en provenance du Royaume-Uni vers la France, actuellement autour de 10 000 par jour, va probablement augmenter dans les jours ou semaines qui viennent. Actuellement, au regard de l’incidence faible au Royaume-Uni (25/100 000/semaine), cela représente, avec beaucoup de prudence, un risque d’environ 1 personne infectée par le variant B.1.617.2 arrivant sur le territoire français chaque jour


Plusieurs scénarios sont possibles, entre autres : 
 Mise en place d’une quarantaine stricte, obligatoire, pour l’ensemble des voyageurs/transporteurs comme cela vient d’être décidé par l’Allemagne. 
 Mise en place de recommandations plus réalistes reposant sur la responsabilité individuelle et qui pourraient s’appuyer sur le schéma suivant : o Information très claire des voyageurs sur les risques possibles ; 
o Test RT-PCR obligatoire entre 48 et 72h avant le voyage ; 
o Test antigénique, y compris autotests, le jour du départ ; o Test antigénique, y compris autotests, à J3 et J7 après l’arrivée en France. 
En cas de test antigénique positif, il devra entrainer immédiatement un isolement, et être confirmé par un test RT-PCR et d’un criblage. 
Cette stratégie plus pragmatique pourrait avoir une meilleure faisabilité/acceptabilité. Quel que soit le scénario retenu, il faut rappeler l’importance des mesures barrières, en particulier lors de l’arrivée en France, y compris du port du masque, qui n’est actuellement par obligatoire en milieu extérieur au Royaume-Uni. La décision est d’ordre politique et prend en compte des éléments sanitaires, sociétaux mais aussi économiques.
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